A la fin du XIXe siècle, beaucoup d'habitants de la région de Lille souffrent de maladies causées par des microbes.
En 1894, la ville est touchée par une grave épidémie de diphtérie. Le docteur Emile Roux annonce qu'il a trouvé un traitement contre cette maladie, mais il n'y a pas de laboratoire à Lille capable de le fabriquer.
Le maire de Lille demande alors conseil à Louis Pasteur, qui propose de créer un nouveau laboratoire qui pourra fabriquer le traitement et accueillir des chercheurs pour travailler sur les microbes.
C'est ainsi que l'Institut Pasteur de Lille ouvre ses portes en 1899.
En france, il existe deux Institut Pasteur, celui de Paris et celui de Lille. Ils font tous deux parties de la communauté scientifique pasteurienne, qui regroupe actuellement 32 Institut Pasteur et Instituts associés sur les 5 continents, mais sont juridiquement et économiquement indépendants.
Tout comme l'Institut Pasteur de Paris, l'Institut Pasteur de Lille est une fondation privée à but non lucratif, reconnue d'utilité publique dans lequel 1 300 personnes se consacrent à l'amélioration de la santé de l'homme et à la qualité de l'environnement.
L'Institut Pasteur de Lille se distingue de l'Institut Pasteur de Paris par son ouverture au grand public, via ses actions de prévention et d'éducation à la santé, et par ses activités d'expertises et d'analyses.